Türkiye, Avrupa, Asya ve Afrika kıtalarının birleştiği bir bölgededir ve üç kıtanın da doğal özelliklerini barındıran nadir ülkelerden biridir. Ayrıca Türkiye, üç tarafı denizlerle çevrili bir yarımadadır. İklim, bitki örtüsü ve topografik özelliklerine göre 7 coğrafi bölgeye ayrılmıştır. Genel olarak denize kıyısı olan Karadeniz, Marmara, Ege ve Akdeniz bölgelerinde nemli iklimler hakimdir. İç, Doğu ve Güneydoğu Anadolu bölgelerinde ise kurak iklimler görülür. İklime bağlı olarak ekosistem tipleri de şekillenmiştir. Yağış azlığı ile karakterize edilen bozkır ekosistemleri, kurak iklimin hakim olduğu İç, Doğu ve Güneydoğu Anadolu bölgelerinde daha yaygınken, nemli iklime sahip Karadeniz, Marmara, Ege ve Akdeniz bölgelerinde orman ekosistemleri görülür. Ayrıca, Akdeniz ve Ege bölgelerinde kuraklığa ve yangına dayanıklı bitkilerden oluşan maki ekosistemleri de yaygın olarak görülür.

Türkiye, farklı tektonik levhaların kesişim noktasında yer aldığı için jeolojik olarak oldukça aktif bir bölgededir. Bu nedenle yükseltisi deniz seviyesinden 5137 metreye kadar çıkar ve mikroklima alanlarının görüldüğü vadiler, kanyonlar, mağaralar ve dağlarla topografik açıdan da zengindir. Tektonik hareketler, Türkiye’yi kayaç yapısı ve toprak tipleri bakımından da zenginleştirmiştir. Farklı kayaçların yüzeye çıkmasıyla meydana gelen serpantin, jips ve marn gibi toprak oluşumları, sadece bu bölgelere özgü, endemizm oranının yüksek olduğu alanların oluşmasına neden olmuştur.

Bu ekosistemlere ilaveten, sulak alanlar bakımından da oldukça zengin olan Türkiye’de akarsu ve göl ekosistemleri ile buna bağlı sazlık, bataklık, turbalık ve su basar ormanlar gibi alanlar ekosistem çeşitliliğini destekler. Ülkenin üç tarafının denizlerle çevrili olması, denizel ekosistemler ve ilişkili olarak lagün, delta oluşumları ile kıyı ve kumul ekosistemlerinin görülmesine yol açmıştır. Denizel, tatlı su ve karasal ekosistem çeşitliliğinin fazla olması, Türkiye’de tür çeşitliliğinin yüksek olmasının en önemli nedenlerinden biridir. Anadolu’nun buzul çağlarında canlılar için bir sığınak niteliğinde olması da tür zenginliğini artıran faktörlerdendir.

Bu faktörlere ek olarak, Avrupa-Sibirya, Akdeniz ve İran-Turan fitocoğrafik bölgeleri (bitki coğrafi bölgeleri) Türkiye’de kesişir ve bu da bitki çeşitliliğini artıran faktörlerdendir. Tüm bu özellikleriyle Türkiye, dünyadaki 36 biyolojik çeşitlilik sıcak noktasından üçünün (Akdeniz, Kafkasya, İran-Anadolu) kesiştiği dört ülkeden biridir.